Thomas Haverkamp

Forsker

Presentation

Microbial diversity, Genomics, Metagenomics, Nanopore sequence analysis. 

My background is in microbial ecology. I did my PhD in the Netherlands on unicellular and fillamentous cyanobacteria (blue/green algea) found in the Baltic Sea. That thesis involved work on microbial cultivation and enviromental PCR amplification of both 16s rRNA and photosynthesis genes, where we used these tools to describe the diversity of specific taxa present in the Baltic Sea.

At the Norwegian veterinary institute I work on a variety of microbiome projects analyzing the microbes associated with cows, poultry, fish, etc. For this we use shotgun metagenomics with illumina, as well as nanopore sequence data from single isolates

 

Show phone number

Send email

Forskningsprosjekter

EUPAHW - SPAMR-VET

The aim of the project is to improve surveillance of important veterinary pathogens and their antimicrobial resistance (AMR) profiles.

Prosjektperiode
2023 - 2026

EUPAHW - SPAMR-VET

Målet med prosjektet er å forbedre overvåkningen av viktige veterinære patogener og deres resistensprofiler.

Prosjektperiode
2023 - 2026
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Parasittologi

OH4Surveillance

One health for surveillance (OH4S) skal hjelpe Europa med å etablere en Én-helse-overvåking av smittestoffer hos dyr og i miljøet. Overvåkingen som har som mål å beskytte folkehelsen gjennom tidlig påvisning av såkalte tilsynekommende zoonotiske smittestoff (emerging zoonotic pathogens). Det vil si smittestoffer som enten har vært under kontroll og nå er på vei tilbake, eller smittestoffer som først nylig har vist seg å smitte fra dyr og miljø til mennesker.  

Prosjektperiode
2024 - 2026
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, Zoonoser

PhageDrive

A pre-project funded by FFL/JA aiming to identify bacteriophages in deep-sequenced datasets from animal samples and establish laboratory methods to identify specific bacteriophages. Bacteriophages can be used to influence the composition of the microbiota in animals and serve as tools to positively modify it.

Prosjektperiode
2024 - 2025
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi

PhageDrive

Et forprosjekt finansiert av FFL/JA har som mål å finne bakteriofager i dypsekvenserte datasett fra dyreprøver, og etablere laboratoriemetodikk for å identifisere spesifikke bakteriofager. Bakteriofager vil kunne blir brukt til å påvirke sammensetningen i mikrobiotaen i dyr og kunne være verktøy for å endre denne positivt 

Prosjektperiode
2024 - 2025
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi

RemoTnitor

The project aims to produce powerful multiomic tools for non-invasive assessment of animal identity and relatedness, diet, and health based on genetic analyses of field-collected scat samples, and thereby enable more efficient surveillance and management of reindeer and wildlife in the North.

Prosjektperiode
2023 - 2025
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, Virologi

RemoTnitor

The project aims to produce powerful multiomic tools for non-invasive assessment of animal identity and relatedness, diet, and health based on genetic analyses of field-collected scat samples, and thereby enable more efficient surveillance and management of reindeer and wildlife in the North.

Prosjektperiode
2023 - 2025
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, Virologi

CalfComfort

Animal welfare legislation and research has traditionally focused on alleviating animal suffering. However, the absence of poor welfare does not necessarily mean that animal welfare is good. The CalfComfort project will develop indicators that measure animal welfare at the positive end of the scale. The project will investigate different behaviours, as well as microbiome and biomarkers.

Prosjektperiode
2021 - 2025
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologi

CalfComfort

Dyrevelferdslovgivning og -forskning har tradisjonelt fokusert på å lindre dyrs lidelse. Fravær av dårlig velferd trenger imidlertid ikke bety at dyrevelferden er god. CalfComfort-prosjektet skal utvikle indikatorer som måler dyrevelferd i den positive enden av skalaen. Prosjektet skal undersøke ulike atferder, samt mikrobiom og biomarkører.

Prosjektperiode
2021 - 2025
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologi

RADAR - Risiko og sykdomsregnskap for antibiotikaresistens

Prosjektet skal utforske og utvikle et nytt integrativt rammeverk for risikovurdering av antibiotikaresistens i forhold til smittekilderegnskap, risikofaktorer og helseeffekter. Prosjektet vil frembringe kunnskap om betydningen av helseeffekter av antibiotikaresistens som kan spres via matkjeden i relasjon til antibiotikaresistens som oppstår ved behandling av mennesker. Slik kunnskap er viktig for å sette målrettede tiltak. Videre vil deling og utvikling av modeller bidra til en økt kunnskap rundt modellering.

Prosjektperiode
2018 - 2020
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologiAntibiotikaresistens, Bioinformatikk, Epidemiologi, Risikovurdering, Statistikk, Zoonoser

RADAR - Risk and Disease Burden of Antimicrobial Resistance

This is an integrative project aimed at exploring and developing new methodologies and framework for risk assessment and disease burden of antimicrobial resistance for the human population where the impact of the food chain and routes of transmission are crucial elements.

Prosjektperiode
2018 - 2020
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologiAntibiotikaresistens, Bioinformatikk, Epidemiologi, Risikovurdering, Statistikk, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bioinformatikk, Epidemiologi, Risikovurdering, Statistikk, Zoonoser

HUNT Én helse

HUNT Én helse er et underprosjekt av den store Helseundersøkelsen i Nord-Trøndelag (HUNT4) der vi har fokuset på dyr. I HUNT bidro mer enn 50 000 innbyggere i løpet av årene 2017-2019 med informasjon om sin helse og donerte ulike biologiske prøver. HUNT Én helse har et veterinærmedisinsk fokus, og er et samarbeidsprosjekt mellom NTNU, Veterinærhøgskolen NMBU og Veterinærinstituttet.

Prosjektperiode
2017 - 2027
Område
Antibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Fiskehelse, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, ParasittologiBakteriologi, Bioinformatikk, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Mykologi, Parasittologi, Patologi, Risikovurdering, Serologi, Vilthelse, Virologi, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, MolekylærbiologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiBakteriologi, Bioinformatikk, Husdyrhelse, Molekylærbiologi, Vilthelse, Parasittologi, VirologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologiDyrevelferd, Husdyrhelse, Immunologi, Generell mikrobiologiAntibiotikaresistens, Bioinformatikk, Epidemiologi, Risikovurdering, Statistikk, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bioinformatikk, Epidemiologi, Risikovurdering, Statistikk, ZoonoserAntibiotikaresistens, Bakteriologi, Bioinformatikk, Dyrevelferd, Epidemiologi, Husdyrhelse, Molekylærbiologi

Vitenskapelige artikler

See more articles in Cristin